No soy experto naval, así que sólo te voy a dar una posible solución constructiva. En caso de que la borda fuese demasiado baja, y para mantener las dimensiones de largo-ancho-alto del barco: veo que has usado técnicas SNOT en el casco, aprovéchalo y reduce el número de bricks apilados en la zona "habitable" del barco (donde va a ir la cubierta), de manera que quede más baja, y consigas que la altura relativa borda-minifig sea la adecuada, sin necesidad de aumentar el alto de la borda y arruinar esas proporciones que comentas.
Y si te queda muy alta la borda... ponle un par de plates más al suelo

Espero haberte dado alguna idea al menos. ¡Ánimo con el proyecto!